知网查重会留下痕迹的主要原因在于其查重算法会识别出文本中的特定词语、句式或结构，一旦文章被查重，即使稍作修改，仍有可能被系统检测出。此外，知网查重系统会记录每次查重的结果，形成查重历史，也会加大被查重留下痕迹的可能性。为避免知网查重留下痕迹，可以采取改变句式、词语替换、增加原创内容等方法，提高文章的独创性和独特性，减少被查重的风险。

除了文本内容本身的相似度，知网查重还会考虑文档格式、排版风格等因素，这也是导致查重留下痕迹的原因之一。此外，知网查重系统不仅会对文本进行比对，还会对图片、表格等非文本内容进行查重，这增加了被查重的可能性。为避免知网查重留下痕迹，作者在写作时应尽量保持原创性，避免抄袭，并注意文档格式的调整，以降低被查重的风险。